II үе шат, 1940-1955

Уг байгууллагыг татан буулгасны дараа Тусгай комиссыг байгуулснаар Улс төрийн хэлмэгдүүлэлтийн хоёрдугаар үе шат эхэлжээ. Энэ комиссын гол үүрэг нь аймшигт цуст яргаллыг гардан хийсэн хүмүүсийн эсрэг чиглэсэн нь хэргийн гэрчийг устгаж түүхэн үнэнээс зайлсхийх гэсэн оролдлого байлаа. Энэ байгууллага 1939 онд 78 хүнийг, 1940 онд 42 хүнийг, 1941 онд 86 хүнийг шийтгэсний ихэнхийнх нь хувь заяа ЗХУ-д шийдэгджээ.